Jan Stuyt geldt als een van de belangrijkste Nederlandse kerkenbouwers van de 20e eeuw. Voor de katholieke zuil ontwierp hij bovendien kloosters, ziekenhuizen en scholen. In de Limburgse mijnstreek verrezen enkele woonwijken volgens ontwerpen van Stuyt. Stuyt had van 1908 tot 1917 een kantoor in Amsterdam. Daarna woonde hij, tot zijn overlijden, in Den Haag.
Stuyt kreeg in 1882 een stageplaats bij architect H.P. van den Aardweg in Purmerend. Hij werkte vanaf 1883 als leerling op het kantoor van A.C. Bleijs, waar op dat moment de voorbereidingen voor de bouw van de Sint-Nicolaaskerk in Amsterdam in volle gang waren. Bleijs’ voorkeur voor de romaanse stijl was van blijvende invloed op Stuyt. In 1891 trad hij als tekenaar in dienst van de firma Cuypers in Amsterdam. Tussen 1895 en 1898 was hij hoofdopzichter bij de bouw van de Sint-BavoKathedraal in Haarlem. In 1898 begint hij als zelfstandig architect. In 1898 ontwierp hij een kerkgebouw voor de Poolse stad Łódź, die echter niet werd geaccepteerd. Het jaar daarna volgde het ontwerp voor de Sacramentskerk in de Deense hoofdstad Kopenhagen, dat wel werd geaccepteerd, al liet de bouw van de kerk nog tot 1915 op zich wachten. Zijn eerste kerk, de Sint-Pancratiuskerk, tevens zijn eerste uitgevoerde ontwerp, bouwde Stuyt in 1899-1900 in Sloten (Amsterdam).
Na dit eerste succes ging Stuyt in 1898 een partnerschap aan met Jos Cuypers, met wie hij tot 1908 zou samenwerken. Bouwwerken waarvan hij de architect was worden gebouwd in ‘s-Hertogenbosch, Utrecht en Amsterdam, de Sint Josephkerk te Velsen-Noord en de Sint Pancratiuskerk in Sloten, Abdij van Egmond, De Violier, Architectura et Amicitia en de Nieuwe Calixtuskerk in Groenlo. Hij maakte reizen naar Duitsland (Beuron), Italië, Palestina en de Verenigde Staten. Gedurende deze periode zouden beide architecten steeds meer loskomen van de heersende neogotiek. Het is onduidelijk in hoeverre de twee architecten echt samenwerkten, aangezien er vaak duidelijke verschillen in bouwstijl bestaan. Stuyt oriënteerde zich op de neoromaanse stijl en ontwikkelde bovendien een grote interesse in de centraalbouw. Beide interesses waren in belangrijke mate het gevolg van de eerste Nederlandse bedevaart naar Palestina in 1903, waarvan Stuyt een van de deelnemers was en waarbij ook enkele plaatsen in Italië en de Turkse stad Constantinopel werden bezocht. Met name de Hagia Sophia in die stad maakte grote indruk op Stuyt. Tijdens zijn reis naar het Heilige Land leerde hij kapelaan Arnold Suys en de kunstenaar Piet Gerrits kennen. Met hen zou hij samenwerken om het project Heilig Landstichting, een Nederlands en Europees devotiepark, tot stand te brengen.
In 1908 trouwde hij met Jeanne Louise Barozzi, uit dit huwelijk kwamen vier kinderen voort.
Nog tijdens de samenwerking met Cuypers ontwierp Stuyt een aantal kerken die qua stijl sterk op de romaanse stijl van Noord-Italië waren gericht. Een belangrijk werk uit deze periode is de Sint-Jacobskerk in ‘s-Hertogenbosch, waarin een neoromaanse stijl gecombineerd wordt met een centraliserende plattegrond.
In 1908 begon Stuyt zijn eigen architectenbureau in Amsterdam. In 1908-1909 werden de Pancratiuskerk, pastorie, zusterhuis en bewaarschool in Castricum gebouwd. In 1909 kwam er een filiaal van bureau Stuyt in Heerlen. Hij bouwde scholen, kerken en villa’s, ontwierp een tuinstad in Heerlen en de kapel van Onze Lieve Vrouw ter Nood in Heiloo, en in 1911 het raadhuis van Castricum. Van 1911 tot 1931 was hij verantwoordelijk voor de verbouwing van het raadhuis van Alkmaar. In 1912 nam hij deel aan een prijsvraag voor het raadhuis van Rotterdam. In 1913 bouwde hij de Cenakelkerk en in 1915 een landhuis in Maarn. In 1917 werd bureau Stuyt verplaatst naar ‘s-Gravenhage. In 1919 bouwde hij de Sint-Agneskerk (Amsterdam) en gedurende 1919-1922 het Kleinseminarie Hageveld in Heemstede. In 1933 schreef hij het boek “Bouwkundige compositie”.
Na het beëindigen van de samenwerking met Jos Cuypers ontwierp hij nog vele dorpskerken in dezelfde neoromaanse stijl. Hierbij leek hij gebruik te maken van een beperkt aantal standaardcomponenten, die naar believen gecombineerd konden worden. Hij bouwde dergelijke kerken onder andere in Berkel-Enschot, IJsselmuiden en Weebosch. Zijn voorkeur voor centraalbouw werd toegepast in onder meer de Cenakelkerk in Heilig Landstichting, de Sint-Catharinakerk in ’s-Hertogenbosch, de Gerardus Majellakerk in Amsterdam en de H.H. Engelbewaarderskerk in De Engel bij Lisse.
Naast kerken ontwierp Stuyt onder andere enkele ziekenhuizen, het Nederlands Instituut te Rome en, in de Limburgse mijnstreek, een aantal woonwijken waarvan Molenberg in Heerlen als een van de belangrijkste geldt. Daarnaast restaureerde hij een aantal gebouwen, waaronder het stadhuis in zijn geboortestad Purmerend. Na zijn dood werd Stuyts kantoor korte tijd voortgezet door zijn zoon Giacomo.
